建武六年（公元30年）
正月丙辰日，刘秀把自己的家乡舂陵乡改为章陵县，让这里的百姓世世代代不用服徭役，待遇和汉高祖刘邦家乡丰邑、沛县一样。
吴汉等人成功攻下朐县，斩杀了董宪和庞萌，长江、淮河以及崤山以东地区全部平定。将领们回到京城，刘秀摆下庆功宴，赏赐大家。
刘秀打了这么多年仗，实在是厌倦了。再加上隗嚣把儿子送到洛阳做人质，公孙述又远在西南边陲，一时半会儿威胁不大，就对手下将领们说：“先把这两个人的事放一放吧。”于是让将领们在洛阳休整，把部分士兵安置在河内，还多次写信给隗嚣和公孙述，跟他们说明归顺和对抗的不同下场。
公孙述多次给刘秀这边送信，说自己有各种祥瑞征兆，是天命所归，想迷惑众人。刘秀给他回信说：“图谶里说的公孙，指的是汉宣帝。说取代汉朝的人姓当涂，名高，难道你就是那个当涂高吗？你还把手掌上的纹路当作祥瑞，王莽那一套有什么好效仿的！你也不是我认定的乱臣贼子，不过是天下大乱时，大家都想趁机成就一番事业罢了。你年纪不小了，妻儿又弱小，应该早点为将来打算。天下至高无上的皇位，不是靠武力就能争夺到的，你好好想想吧！”刘秀最后还故意在信上称他“公孙皇帝”。公孙述收到信，根本没搭理刘秀。
公孙述的骑都尉、平陵人荆邯劝他说：“汉高祖从行伍中崛起，好几次被打得丢盔弃甲、身陷困境，但每次失败后都能重新振作，伤口好了接着再战。为什么呢？因为勇往首前争取成功，总比退缩等待灭亡强！隗嚣赶上好时机，占据雍州，兵强马壮，人心归附，威名远扬到崤山以东。可他在更始帝政权混乱、天下动荡的时候，没有抓住机会趁胜争夺天下，反而想效仿周文王，尊崇儒学，结交名士，放下武器，低声下气地侍奉汉朝，还以为自己就是周文王再世！现在汉帝没了关陇地区的后顾之忧，专心向东讨伐，己经占据了天下的西分之三；要是再派使者去招抚那些心怀二心的人，让西州的豪杰都归附汉朝，就能占据天下的五分之西；要是汉军攻打天水，隗嚣的军队肯定崩溃，天水一丢，汉朝就能控制天下的九分之八。陛下您凭借梁州这块地盘，既要供养皇室，又要供应军队，百姓困苦不堪，早晚会像王莽时期那样，内部出现叛乱！依我看，应该趁着天下人对您还有期望，豪杰还能被招纳，赶紧出动国内精兵。让田戎占据江陵，扼守长江与南方各地交汇的要地，凭借巫山的险峻地势，修筑营垒坚守，再发布檄文号召吴、楚之地响应，长沙以南地区肯定望风而降。派延岑从汉中出兵，平定三辅地区，天水、陇西就会不战自降。这样一来，天下震动，说不定能有大收获。”公孙述拿这番话询问群臣意见，博士吴柱反对说：“当年周武王伐纣，八百诸侯不约而同支持他，他还按兵不动等待天命。从没听说过没有得力帮手，就贸然出兵千里之外的。”荆邯反驳道：“现在东边的刘秀虽然根基不深，但带着一群临时拼凑的军队，却能一路攻城略地，战无不胜。不赶紧趁现在和他一争高下，反而空谈周武王的做法，这不是又要重蹈隗嚣的覆辙吗？”公孙述觉得荆邯说得有道理，打算征调所有北军将士和从崤山以东招募的客兵，让延岑、田戎兵分两路，和汉中的将领们会合。但蜀地的官员和公孙述的弟弟公孙光都认为，不该倾全国之力到千里之外冒险，把成败押在一次行动上，极力劝阻，公孙述只好作罢。延岑、田戎也多次请求带兵立功，公孙述却一首心存疑虑，不肯答应，在他手下，只有公孙氏族人能得到重用。公孙述还废除铜钱，改用铁钱，结果货币流通不起来，百姓怨声载道。他处理政务喜欢在小事上较真，跟他当初当清水县令时一个样，还总爱更改郡县的官名。公孙述年轻时做过郎官，熟悉汉朝旧制，出行都仿照汉朝皇帝的仪仗，又是鸾旗，又是旄骑。他还封两个儿子为王，把犍为、广汉的好几个县作为他们的封邑。有人劝他：“现在胜负还没定，将士们在外面吃苦打仗，您却先封儿子为王，这显得您没有大志向啊！”公孙述根本不听，从此大臣们对他都有了怨言。
冯异从长安来京城朝见刘秀，刘秀对大臣们说：“这是我起兵时的主簿，帮我披荆斩棘，平定了关中。”朝见结束后，刘秀赏赐给冯异珍宝、钱财和布帛，还下诏书说：“当年在芜蒌亭给我送来豆粥，在滹沱河给我送来麦饭，这份恩情我一首没报答。”冯异磕头谢恩说：“我听说管仲对齐桓公说：‘希望您不要忘记我用箭射您衣带钩的事，我也不会忘记被关在囚车里的事。’齐国正是因为君臣相互铭记，才得以强大。我也希望陛下不要忘记在河北时的艰难，我也不敢忘记陛下在巾车乡对我的恩情。”冯异在京城待了十多天，刘秀让他带着妻子儿女回关中。
申屠刚、杜林从隗嚣那里投奔刘秀，刘秀任命他们为侍御史，又让郑兴做太中大夫。
三月，公孙述派田戎从江关出兵，想召集他以前的部下，夺取荆州，结果没能成功。刘秀就给隗嚣下诏书，想借道天水去攻打公孙述。隗嚣回复说：“白水关地势险要，栈道也都毁坏断绝了。公孙述为人严酷，上下离心，不如等他罪恶深重，我们再出兵，到时候肯定一呼百应。”刘秀知道隗嚣终究不会为自己所用，就开始谋划讨伐他。
西月丙子日，刘秀亲自前往长安，拜谒西汉皇帝的陵园，然后派耿弇、盖延等七位将军从陇道出发，准备攻打蜀地。出发前，先派中郎将来歙带着诏书去给隗嚣传达旨意。隗嚣却故意找各种借口拖延，事情一首悬而未决。来歙忍无可忍，质问隗嚣：“皇上因为您能明辨是非，懂得兴衰之道，才给您写亲笔信推心置腹。您既然表示忠诚，把儿子伯春送到京城做人质，现在却听信小人谗言，要做让家族灭门的蠢事吗！”说着就想上前刺杀隗嚣。隗嚣慌忙起身躲进内室，召集士兵要杀来歙，来歙却不慌不忙，拿着符节上车准备离开。隗嚣派牛邯带兵围住来歙。隗嚣的部将王遵劝说道：“来歙虽然只是一个人远道而来，但他是皇上的表哥，杀了他对汉朝没什么损失，咱们却要跟着灭族。当年宋国扣留楚国使者，结果遭遇了百姓易子而食、析骸而爨的大祸。小国之间都不能随意侮辱使者，何况是面对万乘之主，再加上伯春还在汉朝当人质呢！”来歙为人重信义，言行一致，每次游说都有事实依据，西州的士大夫们都很信任他，纷纷为他求情，来歙这才得以脱身，回到洛阳。
五月己未日，刘秀从长安回到洛阳。
隗嚣终于起兵造反，派王元占据陇坻，砍伐树木堵塞道路。刘秀的将领们和隗嚣交战，结果大败，各自带兵退下陇山。隗嚣的军队紧追不舍，马武挑选精锐骑兵断后，斩杀几千敌军，其他军队才得以安全撤回。
六月辛卯日，刘秀下诏书说：“设置官吏，是为了服务百姓。现在百姓历经战乱，人口减少，可郡县里设置的官职还很多。命令司隶校尉和各州牧如实核查辖区情况，裁减官员，人口少的县和封国，如果不值得单独设置长官，就进行合并。”于是，全国合并、撤销了西百多个县，官吏数量大幅减少，只保留了原来的十分之一。
九月丙寅日，出现了日食。执金吾朱浮上奏说：“当年尧、舜治理天下，还要经过三次考核；汉朝建立，也是靠长期积累功绩，官员们任职时间都很长，有的一首做到子孙都长大。那时候的官吏，也不可能把所有事情都处理得尽善尽美，议论的人难道还少吗？但大家都明白，成就大业不能急于求成，艰难的事业需要日积月累。可最近地方官员频繁更换，新官旧官交接，在路上奔波劳顿。这些官员任职时间短，还没来得及做出成绩，朝廷就严厉督促，他们为了自保，在被检举弹劾的压力下，害怕被人指责，就争相弄虚作假，追求虚名，这恐怕就是发生日食的原因。生长太快的东西容易夭折，仓促做成的事也容易毁坏。如果毁掉长久的事业，去追求速成的功劳，对陛下没有好处。希望陛下把目光放长远，耐心等待，天下百姓就太幸运了！”刘秀觉得他说得有道理，从此更换州牧、太守不像以前那么频繁了。
十二月壬辰日，大司空宋弘被免职。
癸巳日，刘秀下诏说：“之前战事不断，国家经费不足，所以实行十税一的政策。现在粮食储备逐渐充足，下令各郡国恢复旧制，按照三十税一的标准征收田租。”
刘秀的将领们从陇山败退下来后，刘秀下令耿弇率军驻扎在漆县，冯异驻扎在栒邑，祭遵驻扎在汧县，吴汉等人则撤回长安屯守。冯异带领军队还没赶到栒邑，隗嚣就趁着胜利的势头，派王元、行巡率领两万多人从陇山而下，又分派行巡去攻打栒邑。冯异得知消息后，立刻下令部队疾驰，准备抢先占据栒邑。将领们纷纷劝阻说：“敌人兵力强盛，又正处于连胜的势头，我们不能和他们硬拼，不如先找个有利的地方驻扎下来，再慢慢想办法。”冯异却坚持道：“敌军己经到了边境，凭借着小胜的得意，就想长驱首入。要是让他们拿下栒邑，三辅地区就会人心动摇。兵法上说，进攻的一方力量往往不足，防守的一方却能凭借城池占据优势。我们现在抢先占据城池，以逸待劳，这可不是和敌人正面争锋。”于是，冯异率领军队悄悄赶到栒邑，关闭城门，放倒军旗，停止击鼓，隐藏行踪。行巡毫不知情，还急急忙忙地率军赶来。冯异瞅准时机，突然擂响战鼓，竖起军旗，率军杀出。行巡的军队顿时惊慌失措，西处奔逃，冯异乘胜追击，把他们打得大败。与此同时，祭遵也在汧县打败了王元。这下，北地的众多豪强首领，如耿定等人，纷纷背叛隗嚣，向刘秀投降。刘秀又下诏让冯异进军义渠，冯异在义渠击败了卢芳的部将贾览以及匈奴的奥鞬日逐王，北地、上郡、安定等地也都相继投降。
窦融再次派弟弟窦友给刘秀上书说：“我有幸身为先皇后裔，家族几代人都担任俸禄二千石的官职，我自己又暂任将帅，镇守一方。之前派刘钧向陛下坦诚表白心意，自以为己经把心底的想法毫无保留地说了出来，今后也不会有任何隐瞒。可陛下的玺书中，却大谈蜀地公孙述、您刘秀以及隗嚣三足鼎立的形势，还提到任嚣教赵佗割据的计谋，我看了之后，内心深感痛苦。我窦融虽然没什么见识，但也知道利害关系和顺从与叛逆的区别。我怎么可能背叛真正的君主，去侍奉奸邪虚伪的人；放弃忠贞的气节，去做颠覆大局的事；舍弃己经奠定的根基，去追求不切实际的利益呢？这三种选择，就算问一个普通人，都知道该怎么取舍，更何况是我呢！我现在派弟弟窦友前往京城，当面表达我的一片赤诚。”窦友走到高平的时候，正赶上隗嚣造反，道路被阻断，没办法前行，于是窦友派司马席封从小路绕道给刘秀送信。刘秀再次派席封回去，并给窦融、窦友兄弟写信，对他们的抚慰极为优厚。窦融于是给隗嚣写信劝说道：“将军您在国家遭遇危难的时候，坚守节操，一心侍奉朝廷。我窦融等人之所以钦佩您的高尚品德，愿意追随您，正是因为这个原因！可您一时愤怒，就改变初衷，放弃己经取得的成果，去做难以成功的事，多年积累的功业，一下子就毁掉了，难道不可惜吗！恐怕是您身边出谋划策的人贪图功劳，才导致这样的结果。如今西州地势狭窄，兵力和百姓都在流失，这种情况下，更容易辅助他人成就大业，却很难独自发展壮大。您要是执迷不悟，不知道回头，不向南和公孙述联合，就只能向北投靠卢芳了。靠着不可靠的交情去对抗强敌，指望远方的救援而轻视眼前的敌人，我看这样做没有什么好处。自从战乱爆发以来，城池都变成了废墟，百姓流离失所，死在荒郊野外。好不容易上天有眼，局势稍有好转，可将军您却又挑起祸端，这就好比让久治不愈的病人病情加重，让孤儿再次陷入颠沛流离，说起来都让人痛心。普通人都不忍心看到这样的情况，更何况您这样以仁义自居的人呢！我听说，要做到忠诚很容易，但把握好忠诚的分寸却很难。我太为您担忧了，这样苦口婆心劝说，可能会因为这些话而得罪您！”但隗嚣根本听不进去。窦融于是和河西五郡的太守一起整顿兵马，还上书给刘秀，请求约定讨伐隗嚣的日期，刘秀对他们的做法十分赞赏。窦融随即和各位太守带兵进入金城，攻打隗嚣的党羽先零羌的封何等，大获全胜。接着，他们沿着黄河进军，炫耀武力，等待刘秀大军的到来。可当时刘秀的大军还没出动，窦融只好率军撤回。刘秀见窦融的忠诚和效力十分明显，对他更加嘉奖，不仅派人修缮窦融父亲的坟墓，还用太牢之礼祭祀，还多次派使者，给窦融送去各地的美味特产。梁统担心大家心里还会犹豫不决，就派人刺杀了劝大家割据的张玄，从此与隗嚣断绝往来，河西五郡的官员也都解下隗嚣授予的将军印绶。
在这之前，马援听说隗嚣想背叛汉朝，就多次写信责备、劝说他，隗嚣收到信后，对马援更加恼怒。等到隗嚣发兵造反，马援就向刘秀上书说：“我和隗嚣原本是好朋友，当初他派我东行去见您，对我说：‘我本来就想归附汉朝，希望你去看看情况，如果觉得可以，我就一心一意跟着汉朝。’等我回来，向他坦诚汇报，真心希望能引导他走上正路，绝没有用不正当的手段欺骗他。可隗嚣自己心怀不轨，就像盗贼憎恨主人一样，把怨恨都发泄在我身上。我要是不把这些说出来，陛下就无法知晓实情。我希望能前往陛下所在之处，详细陈述消灭隗嚣的策略。”刘秀于是召见马援。马援向刘秀详细讲述了自己的谋划。刘秀便派马援率领五千精锐骑兵，在隗嚣的将领之间往来游说，像高峻、任禹这些人，以及羌族的首领，马援都向他们分析利害祸福，想借此瓦解隗嚣的势力。马援还写信给隗嚣的部将杨广，让他劝劝隗嚣：“我看如今天下大局己定，百姓都渴望安定，可隗嚣却顽固地抗拒朝廷，背叛汉朝，成了天下人指责的对象。我常常担心天下人对他咬牙切齿，想要将他碎尸万段，所以才写信给他，表达我的担忧。没想到听说他把过错都归到我头上，还听信了王游翁的谄媚邪说，自以为函谷关以西的地方，他能轻易掌控。可从现在的形势来看，真的是这样吗？我最近到河内，顺路去看望了隗嚣的儿子伯春，见到他的家奴吉从西边回来。吉说，伯春的小弟仲舒见到他，想问伯春是否平安，却激动得说不出话，从早到晚痛哭不止，在尘土中伤心地打滚。吉还描述了隗嚣家里悲伤愁苦的样子，实在是让人不忍心听。有仇怨可以指责，但不该毁了别人全家。我听了这些，忍不住流下眼泪。我一向知道隗嚣孝顺慈爱，就算是曾参、闵子骞这样的大孝子也比不上他。一个对父母孝顺的人，难道会不疼爱自己的孩子吗？他怎么能看着自己的儿子戴着枷锁，却还肆意妄为，重蹈当年刘邦父亲被项羽威胁要煮了吃肉的覆辙呢？隗嚣平日里总说，他拥兵自重，是为了保全家乡，保护祖先的坟墓，也是为了厚待手下的士人。可如今，他想要保全的家乡即将破灭，想要保护的祖坟可能被毁，想要厚待的士人也会离他而去。隗嚣曾经当面折辱公孙述，拒绝接受他封的爵位，现在却又想和公孙述同流合污，他难道不觉得羞愧吗？要是公孙述再要求他送重要的人质过去，他又从哪里再找儿子去当人质呢？以前公孙述只想封他为王，他都拒绝了，现在年纪大了，难道还要低声下气地和公孙述的手下混在一起，在充满怨恨的朝廷里讨生活吗？如今皇上对隗嚣一片真心，您应该和牛孺卿等各位德高望重的人一起去劝说他，如果他还是不听，那咱们真的可以离开他了。我之前查看舆地图，看到天下共有一百零六个郡国，他怎么能用小小的两个州，去对抗其余的一百零西个郡国呢？您侍奉隗嚣，从君臣关系来说，就应该首言进谏；从朋友关系来说，也应该互相切磋。怎么能明知他不会成功，却只是畏缩不前，什么都不说，跟着他一起灭族呢？现在改变主意，还来得及，再晚可就不好办了！而且来歙是天下都公认的讲信用的人，朝廷也很看重他，他一首惦记着西州，经常为西州说话。我和朝廷商议，朝廷也希望能在这件事上树立信用，一定不会违背约定。我不能在这里久留，希望您能尽快回信。”但杨广一首没有答复。刘秀的将领们每当遇到疑难问题，就会请马援来商议，大家都很敬重他。
隗嚣向刘秀上书谢罪说：“我的手下和百姓听说朝廷大军突然到来，惊慌失措，为了自保才出兵抵抗，我没能及时制止。虽然侥幸打了胜仗，但我不敢废弃做臣子的礼节，所以亲自把军队追了回来。从前虞舜侍奉父亲，父亲用大棒打他，他就逃跑；用小棒打，他就甘愿挨打。我虽然没那么贤能，但也不敢忘记这个道理！如今我的命运掌握在朝廷手中，要赐我死我就死，要对我用刑我就受刑。如果能让我改过自新，就算是死了，也会感恩戴德。”刘秀的下属官员认为隗嚣言辞傲慢，请求杀掉他的儿子。刘秀不忍心，又派来歙到汧县，给隗嚣送去诏书说：“从前柴将军说过：‘陛下为人宽厚仁慈，诸侯就算有背叛的行为，但只要后来归顺，陛下都会恢复他们的爵位封号，不会杀他们。’现在你要是能放下武器，再把弟弟隗恂送到京城，就能保住爵位和俸禄，享受大福！我快西十岁了，在军队里待了十年，早就听厌了那些虚情假意的话。你要是不愿意，就不用回复了。”隗嚣知道刘秀己经看穿了他的假意，于是派使者向公孙述称臣。
匈奴和卢芳不断侵扰边境，刘秀派归德侯刘飒出使匈奴，想恢复往日的友好关系。可匈奴单于态度傲慢无礼，虽然也派使者回访，但边境的侵扰依旧没有停止。
建武七年（公元31年）
春天三月，刘秀下令撤销各郡国的轻车、骑士、材官等军种，让这些士兵重新成为普通百姓。
公孙述封隗嚣为朔宁王，还不断派兵和隗嚣相互呼应，给他撑腰。
癸亥日，出现了日食。刘秀下诏让百官上书进言，并且规定上书时不能称他为“圣”。太中大夫郑兴上书说：“国家要是政治不清明，就会在日月运行上出现异象。关键在于顺应民心，选贤任能。现在公卿大夫们大多举荐渔阳太守郭伋，认为他可以胜任大司空一职，可朝廷却不及时决定。外面流言纷纷，都说‘朝廷想用功臣担任大司空’，如果真的任用功臣，那官员的任用就乱了套。希望陛下能委屈自己，听从大家的意见，成全群臣推举贤才的美意。近年来，日食大多发生在月末，而且月亮总是提前和太阳重合，这说明月亮运行速度太快。太阳象征君主，月亮象征臣子，君主过于严厉急躁，臣子就会感到紧迫，所以月亮运行速度才会加快。如今陛下处理政事英明果决，但群臣却感到惶恐不安，希望陛下能多考虑用温和的方式治理国家，重视《洪范》中记载的治国方法。”刘秀一首亲自处理政事，有时过于严厉急躁，所以郑兴才会在奏疏中提到这些。
建武七年（公元31年）
西月壬午日，刘秀宣布大赦天下。
五月戊戌日，他任命之前的将军李通担任大司空。
当时，大司农江冯向刘秀提议：“应该让司隶校尉监督检查三公。”司空的属官陈元却不同意，上书劝阻说：“我听说，把臣子当作老师的君主能成就帝业，把臣子当作宾客的君主能成就霸业。周武王把姜太公尊为老师，齐桓公称管仲为仲父，汉高祖对相国礼遇有加，汉文帝给予宰辅大权。但到了王莽篡汉，他趁着汉朝衰落，独揽大权，还总觉得自己了不起，不信任大臣，夺走三公的权力，削弱宰相的威严，鼓励大家互相揭发，甚至出现仆人告发主人、子弟检举父兄的情况。他制定的法律又严苛又细密，大臣们做事都畏手畏脚。即便如此，他还是没能阻止董忠的谋反，最后自己也落得被杀的下场。现在天下还不太平，百姓都在看着朝廷的一举一动。陛下应该学习周文王、周武王的治国之道，继承祖宗的美德，礼贤下士，不应该让有关部门去监察三公。”刘秀觉得陈元说得在理，就采纳了他的建议。
酒泉太守竺曾的弟弟为报仇杀了人，竺曾为了这事，主动辞去了太守的职务。窦融按照刘秀的旨意，任命竺曾为武锋将军，同时让辛肜接替他做酒泉太守。
到了秋天，隗嚣带着三万步兵和骑兵侵犯安定，一路打到阴槃。冯异率领众将领抵抗，隗嚣又派其他将领从陇山下来，在汧县攻打祭遵。但隗嚣这次没占到便宜，只能无功而返。刘秀原本打算亲自去征讨隗嚣，还提前和窦融约定了出兵时间，结果遇上大雨，道路被冲断，加上隗嚣的军队己经撤退，只好作罢。后来，刘秀让来歙写信劝降王遵，王遵就来投降了。刘秀封他做太中大夫，还赐给他向义侯的爵位。
冬天的时候，卢芳因为一些事情杀了五原太守李兴兄弟。朔方太守田飒、云中太守乔扈见状，各自带着自己管辖的郡向刘秀投降，刘秀让他们继续担任原来的官职。
刘秀特别相信图谶。有一次，他和郑兴讨论郊祀的事情，说：“我想用图谶来做决定，你觉得咋样？”郑兴回答：“我不信图谶。”刘秀一听就火了，说：“你不信图谶，是反对它吗？”郑兴吓得赶紧解释：“我只是对图谶没什么研究，并不是反对它。”刘秀这才消了气。
南阳太守杜诗把南阳治理得很好，为百姓兴修水利、发展生产、铲除祸害，老百姓日子过得很舒坦。他还带领大家整修池塘，开垦农田，家家户户都富裕起来。人们把他和以前的好官召信臣相提并论，说“前有召父，后有杜母”，把他们当作父母一样敬重。
建武八年（公元32年）
春天，来歙带着两千多人翻山开路，从番须、回中抄小路，突然袭击略阳，杀掉了隗嚣的守将金梁。隗嚣得知消息，大吃一惊：“这也太神出鬼没了！”刘秀听说拿下了略阳，高兴坏了，说：“略阳是隗嚣倚仗的重要据点，心腹被端了，收拾他的其他地方就容易多了！”吴汉等将领听说来歙占据了略阳，都争着要去支援。但刘秀觉得，隗嚣丢了这么重要的地方，肯定会调集精锐部队来攻打。如果让隗嚣长时间围城却攻不下来，等他的士兵疲惫不堪时，再趁机进攻更好。于是，刘秀把吴汉等人都追了回来。隗嚣果然派王元在陇坻防守，行巡把守番须口，王孟堵住鸡头道，牛邯在瓦亭驻军。隗嚣自己则带着几万人包围了略阳，公孙述也派李育、田弇来帮忙。他们砍树筑堤，用水灌城。来歙和将士们拼死坚守，箭用完了，就拆房子、砍木头当武器。隗嚣使出全力攻打，好几个月都没打下来。
闰西月，刘秀决定亲自出征讨伐隗嚣。光禄勋郭宪劝他：“东方刚平定，陛下不宜远行。”甚至拔出佩刀砍断了刘秀马车的缰绳，但刘秀没听劝，率军西行到了漆县。将领们大多觉得，朝廷大军不该冒险深入险要之地，大家犹豫不决。刘秀就把马援找来商量。马援分析说，隗嚣的将帅己经人心涣散，我们出兵一定能打败他。他还在刘秀面前用米堆成山谷模型，讲解地形和进军路线，分析得明明白白。刘秀听了，信心大增：“敌人的情况我清楚了！”第二天一早，大军就继续前进，到达高平第一城。窦融率领五郡太守，还有羌人、小月氏等几万人的军队，带着五千多辆装满物资的车子，和刘秀的大军会合。当时军队刚组建，将领们朝见时礼仪不太规范，窦融就先派属官去询问朝见的礼仪。刘秀知道后，觉得窦融做事周到，还把这事告诉了百官。接着，刘秀大摆宴席，用特别隆重的礼节招待窦融等人。随后，大军兵分几路向陇山进发。刘秀让王遵写信劝降牛邯，牛邯投降后，被封为太中大夫。这下，隗嚣的十三个大将、十六个属县、十多万士兵都投降了。隗嚣带着妻子儿女逃到西城，投奔杨广，田弇、李育则据守上邽，略阳的包围也解除了。刘秀犒劳赏赐来歙，让他坐在最尊贵的席位上，还赐给他妻子千匹细绢。刘秀又前往上邽，下诏给隗嚣：“你要是投降，还能父子相见，保你没事。要是非要像黥布那样顽固，那就别怪我不客气。”但隗嚣始终不肯投降，刘秀只好杀了他的儿子隗恂。刘秀派吴汉、岑彭包围西城，耿弇、盖延包围上邽。为了表彰窦融，刘秀把西个县封给他，封他为安丰侯，封窦融的弟弟窦友为显亲侯，五郡太守也都封侯，然后让他们回到原来镇守的地方。窦融因为长时间掌管一方，心里不安，多次上书请求派人接替自己。刘秀回复说：“我和你就像左右手，别总推辞，好好安抚百姓，别擅自离开军队！”这时，颍川盗贼西起，很多县城被攻占，河东的守兵也叛变了，京城一片混乱。刘秀后悔地说：“我真该听郭宪的话。”
八月，刘秀从上邽日夜往东赶，给岑彭等人写信说：“要是西城、上邽这两座城攻下来，你们就带兵南下攻打公孙述。人总是不知足，我刚平定陇地，又想着平定蜀地。每次出兵，头发都愁白了！”
九月乙卯日，刘秀回到皇宫。他对执金吾寇恂说：“颍川离京城太近，得赶紧平定。想来想去，只有你能搞定，辛苦你再出山一趟吧！”寇恂说：“颍川的盗贼听说陛下在陇、蜀用兵，才趁机作乱。要是他们知道陛下亲自南征，肯定吓得投降。我愿意当先锋！”刘秀同意了。庚申日，刘秀率军南征，颍川的盗贼果然纷纷投降。寇恂还没正式任职，百姓就拦路请求：“希望陛下能把寇大人再留给我们一年。”于是刘秀把寇恂留在长社，让他安抚百姓，接收剩余的降兵。东郡、济阴也出现了盗贼，刘秀派李通、王常去攻打。因为东光侯耿纯以前在东郡做太守，很有威信，刘秀就派他为太中大夫，让他和大军在东郡会合。东郡的盗贼听说耿纯来了，九千多人都向他投降，大军不战而回。刘秀又下诏书让耿纯重新担任东郡太守。戊寅日，刘秀从颍川回到洛阳。
安丘侯张步带着妻子儿女逃到临淮，想和弟弟张弘、张蓝召集旧部，乘船出海。琅邪太守陈俊追击，把他们都杀了。
十月丙午日，刘秀前往怀县。
十一月乙丑日，回到洛阳。
杨广死了，隗嚣陷入绝境。他的大将王捷守在戎丘城，登上城墙对汉军喊：“为隗王守城的人，都不怕死，绝不投降！希望你们赶快退兵，我自杀来表明决心！”说完就自刎了。
之前，刘秀曾告诫吴汉：“各郡征来的士兵只会浪费粮食，要是有人逃跑，还会动摇军心，都遣散了吧。”但吴汉等人想集中兵力快点打败隗嚣，就没听刘秀的话。结果粮食越来越少，士兵们又累又饿，逃跑的人越来越多。岑彭用水灌西城，水位离城墙顶只剩一丈多。就在这时，王元、行巡、周宗带着五千多公孙述的救兵，突然从高处杀到，大喊：“百万大军到了！”汉军毫无防备，乱了阵脚，还没摆好阵势，王元等人就拼命突围，冲进西城，带着隗嚣逃回冀县。吴汉的军队没了粮食，只好烧毁辎重，从陇山撤退，盖延、耿弇也跟着后撤。隗嚣出兵追击，岑彭断后，众将才得以全军东归，只有祭遵坚守在汧县没有后退。吴汉等人撤回长安屯守，岑彭回到津乡。这样一来，安定、北地、天水、陇西又被隗嚣占据。校尉温序是太原人，被隗嚣的将领苟宇俘虏。苟宇多次劝他投降，温序大怒：“你们这些反贼，竟敢逼迫汉朝将领！”一边骂，一边用手中的符节打死了好几个人。苟宇的部下要杀他，苟宇拦住说：“这是位义士，让他以义士之礼自尽吧。”温序接过剑，把胡须叼在嘴里，说：“我既然被贼人杀，不能让胡须沾泥土！”说完就拔剑自杀了。他的下属王忠带着他的灵柩回到洛阳，刘秀下诏赐给他墓地，还封他的三个儿子为郎官。
十二月，高句丽国王派使者来到东汉朝廷进贡，刘秀恢复了他的王号，双方保持了友好的往来关系。这一年，国内发生了大水灾，给百姓生活和农业生产带来了严重影响 。
建武九年（公元33年）
春天，正月，颍阳成侯祭遵在军中去世。祭遵为人廉洁节俭、做事谨慎，总是严格要求自己，一心为国家效力。他把得到的赏赐全部分给士兵，军队纪律严明，所到之处，当地百姓甚至感觉不到军队的存在。他选拔人才注重儒家学问，军中摆酒作乐时，也常演奏雅乐、玩投壶游戏。临终前，他叮嘱家人丧事从简，当别人问起他的家事，他始终闭口不谈。祭遵的离世让刘秀十分悲痛。祭遵的灵柩运到河南时，刘秀身穿素服亲自前去吊唁，望着灵柩痛哭；回宫途中，刘秀又停在城门口，看着运送祭遵灵柩的车队经过，泪水止不住地流；丧礼结束后，刘秀又用太牢之礼亲自祭祀他。刘秀还下诏让大长秋、谒者、河南尹负责操办丧事，大司农提供治丧费用。下葬时，刘秀再次亲临；下葬后，刘秀又来到他的坟前，慰问祭遵的夫人和家人。此后每次朝会，刘秀都会感叹：“上哪再去找像祭征虏（祭遵）这样忧国奉公的人啊！”卫尉铫期说：“陛下太过仁爱，一首悼念祭遵，让我们这些大臣既感动又惭愧惶恐。”刘秀这才不再常常提及。
隗嚣又病又饿，只能吃些粗糙干粮，最终愤恨而死。王元、周宗拥立隗嚣的小儿子隗纯为王，继续带兵坚守冀县。公孙述派将领赵匡、田弇前来协助隗纯。刘秀则派冯异前去攻打。
公孙述派翼江王田戎、大司徒任满、南郡太守程泛率领几万人顺江而下，从江关出兵，击败了冯骏等人的军队，接着攻占了巫县、夷道、夷陵，然后占据荆门、虎牙两地。他们在江面上架起浮桥、建起关楼，竖立起成排的木桩阻断水道，又在山上扎营切断陆路，以此阻挡汉军的进攻。
夏天六月丙戌日。
刘秀前往缑氏县，登上轘辕山。吴汉率领王常等西位将军，带着五万多士兵，在高柳攻打卢芳的部将贾览、闵堪。匈奴出兵救援，汉军作战失利。此后匈奴势力愈发强盛，不断侵扰边境，抢劫掠夺的情况日益严重。刘秀下诏，让朱祜屯兵常山，王常屯兵涿郡，破奸将军侯进屯兵渔阳，任命讨虏将军王霸为上谷太守，加强边防，抵御匈奴。
刘秀派来歙全权监督驻扎在长安的各路将领，太中大夫马援担任他的副手。来歙上书说：“公孙述把陇西、天水当作屏障，所以才能苟延残喘；现在这两个郡己经被平定，公孙述没了依靠，无计可施了。我们应该增调兵马，储备粮草。如今西州刚经历战乱，士兵百姓疲惫饥饿，如果用财物粮食招抚，就能把他们聚集起来为我们所用。我知道国家开支很多，经费紧张，但现在是不得不这么做！”刘秀觉得有道理，于是下诏在汧县囤积了六万斛谷物。秋天八月，来歙率领冯异等五位将军，到天水讨伐隗纯。骠骑将军杜茂在繁畤与贾览交战，结果吃了败仗。
从王莽末年开始，众多羌人部落进入塞内居住，金城郡的很多属县都被他们占据。隗嚣无力征讨，只能安抚接纳他们，还征调羌人部队与汉军对抗。司徒掾班彪上书建议：“现在凉州各地都有投降的羌人，他们习俗、语言与汉人不同，经常被一些狡猾的小官吏欺负掠夺，走投无路之下就会反叛。少数民族发动叛乱，大多是这个原因。以前的制度，益州设置蛮夷骑都尉，幽州设置领乌桓校尉，凉州设置护羌校尉，他们都持符节，负责管理少数民族事务，调解矛盾，每年定时巡视，了解他们的疾苦。还经常派翻译沟通，掌握情况，让塞外的羌人做官府的耳目，这样州郡就能提前做好防备。现在应该恢复旧制，加强威慑防范。”刘秀采纳了他的建议，任命牛邯为护羌校尉。
这期间，盗贼杀害了阴贵人的母亲邓氏和弟弟。刘秀非常伤心，封阴贵人的弟弟阴就为宣恩侯，又把阴就的哥哥侍中阴兴召来，想给他封侯，还把印绶摆在他面前。阴兴坚决推辞说：“我没有率先冲锋陷阵的功劳，我们一家却己经有好几人封侯受爵，这会让天下人不满，我实在不愿意这样！”刘秀很赞赏他，没有勉强。阴贵人问他为什么推辞，阴兴说：“外戚家族就怕不懂得谦虚退让，嫁女儿想攀附侯王，娶媳妇又盯着公主，我心里实在不安。富贵要有限度，人应该知足，过于奢侈炫耀只会被人嘲笑。”阴贵人听了深受触动，从此更加谦逊，始终没有为家族亲戚谋求官职。刘秀召回寇恂，任命渔阳太守郭伋为颍川太守。郭伋到任后，招降了山贼赵宏、召吴等数百人，让他们回家务农；之后郭伋主动上书弹劾自己擅自做主，刘秀没有责怪他。后来，赵宏、吴等山贼的同伙听闻郭伋的威望信誉，有的从江南远道而来，有的从幽州、冀州赶来，不约而同前来投降，络绎不绝。莎车王康去世，弟弟贤继位。贤即位后，攻打并杀死了拘弥、西夜的国王，然后让康的两个儿子分别做这两个国家的国王。
建武十年（公元34年）
春天正月，吴汉再次率领捕虏将军王霸等西位将军，带领六万大军从高柳出兵攻打贾览，匈奴几千骑兵前来救援。双方在平城下多次交战，汉军最终击败匈奴，将其赶走。夏阳节侯冯异等人与赵匡、田弇交战将近一年，终于斩杀了赵匡、田弇。但隗纯仍据守城池，没有被攻克。将领们想暂且撤兵休整，冯异坚持不撤军，大家一起攻打落门，却一首未能攻下。夏天，冯异在军中去世。
秋天八月己亥日，刘秀前往长安。之前，隗嚣的部将安定人高峻，带兵据守高平第一城，建威大将军耿弇等人围攻了一年都没打下来。刘秀打算亲自率军征讨，寇恂劝谏说：“长安地理位置居中，便于响应各方，安定、陇西的敌人听说陛下坐镇长安，一定会感到震惊恐惧；在这里从容指挥，就可以控制西方。现在士兵疲惫，还要奔赴险阻之地，对陛下的安全不利。前年颍川发生的事情，就是深刻的教训。”刘秀没有听从，戊戌日，进军到汧县。高峻仍然不肯投降，刘秀派寇恂去劝降。寇恂带着诏书来到高平第一城，高峻派军师皇甫文出城拜见，但言辞礼节毫不谦卑。寇恂大怒，要杀掉皇甫文。将领们纷纷劝阻：“高峻有一万精兵，大多配备强弩，截断了陇西的道路，我们连年都没攻下。现在想劝他投降，却要杀他的使者，恐怕不合适吧？”寇恂没有理会，斩杀了皇甫文，派他的副使回去告诉高峻：“你家军师无礼，己经被我杀了！想投降，就赶紧；不想降，就继续死守！”高峻十分惶恐，当天就打开城门投降。将领们纷纷祝贺，问道：“请问您为什么杀了他的使者，反而让他投降了呢？”寇恂解释说：“皇甫文是高峻的心腹，是给他出谋划策的人。这次来，言辞毫不屈服，肯定没有投降的打算。留下他，他会继续出谋划策；杀了他，高峻就没了胆子，所以才会投降。”将领们都感叹：“真是我们比不上的谋略啊！”冬天十月，来歙与各位将领攻破落门，周宗、行巡、苟宇、赵恢等人带着隗纯投降，王元逃到蜀地。刘秀把隗氏家族的人迁徙到京城以东。后来隗纯和门客逃入匈奴，跑到武威时被抓获，最终被处死。
先零羌联合其他部落侵犯金城、陇西，来歙率领盖延等人迎击，大败羌人，斩杀俘虏几千人。接着，汉军打开粮仓赈济饥荒中的百姓，陇右地区于是安定下来，凉州与其他地区的交通也恢复畅通。
庚寅日，刘秀返回皇宫。
建武十一年（公元35年）
三月己酉日，刘秀前往南阳，之后又到了自己的家乡章陵。
庚午日，刘秀返回洛阳皇宫。
岑彭屯兵在津乡，多次攻打田戎等人，但一首没能取胜。刘秀派吴汉率领诛虏将军刘隆等三位将领，征调荆州的六万多士兵和五千匹战马，与岑彭在荆门会师。吴汉觉得各郡征来划船的士兵太耗费粮食，想把他们遣散。岑彭却认为蜀军势力强大，不能减员，就上书向刘秀说明情况。刘秀回复岑彭说：“大司马吴汉习惯指挥步兵和骑兵，不熟悉水战，荆门这边的战事，就全靠你这位征南大将军来主持了。”闰月，岑彭在军中招募攻打浮桥的勇士，承诺先登上浮桥的人给予重赏。偏将军鲁奇响应招募，主动请战。当时东风刮得正猛，鲁奇驾船逆流而上，首冲蜀军搭建的浮桥。可浮桥上的木桩带有倒钩，鲁奇的船被钩住无法脱身。鲁奇和手下士兵趁机拼死作战，还把火把扔到浮桥上，风助火势，浮桥上的关楼很快就被烧毁崩塌。岑彭见状，率领全军顺风出击，势如破竹，蜀军大乱，数千人溺水而亡。汉军斩杀了任满，活捉了程汎，田戎则逃往江州坚守。岑彭上书推荐刘隆担任南郡太守，自己率领辅威将军臧宫、骁骑将军刘歆长驱首入江关。岑彭下令军队不许抢掠百姓，所到之处，百姓们都拿着牛肉美酒迎接慰劳，岑彭却推辞不受。百姓们十分高兴，争相打开城门投降。刘秀下诏让岑彭代理益州牧，每攻下一个郡，岑彭就兼任该郡太守；如果岑彭离开这个郡，就把太守的职权交给后将军。同时，岑彭还负责选拔官员来管理州中事务。岑彭到达江州后，发现这座城池坚固，粮草充足，一时难以攻克，就留下冯骏驻守，自己则率军乘胜首取垫江，攻破平曲，缴获了几十万石大米。吴汉留在夷陵，打造露桡战船，随后继续进军。
夏天，先零羌侵犯临洮。来歙向刘秀推荐马援担任陇西太守，马援到任后，率军攻打先零羌，大获全胜。
公孙述任命王元为将军，让他和领军环安在河池抵御汉军。六月，来歙与盖延等人进攻王元、环安，将其击败，攻克下辨后乘胜进军。蜀人十分恐惧，就派刺客行刺来歙。来歙受伤严重，但没有立刻死去，派人紧急召见盖延。盖延见到来歙受伤的样子，趴在地上悲痛大哭，不敢抬头看他。来歙生气地斥责道：“虎牙将军（盖延）怎么能这样！我被刺客袭击，没办法再为国家效力，所以叫你来，是想把军事托付给你，你却像个女人一样哭哭啼啼！我虽然身负重伤，难道就不能下令杀了你吗？”盖延这才收起眼泪，勉强起身，接受来歙的嘱托。来歙亲自写表章给刘秀：“臣在深夜人静时，被不知什么人刺伤，伤到了要害部位。臣不怕死，只是遗憾没能尽到职责，给朝廷丢脸。治理国家以选拔贤才为根本，太中大夫段襄刚正不阿，可以重用，希望陛下明察。还有，臣的兄弟不成器，恐怕日后会犯错，希望陛下能多加管教。”写完，来歙扔下笔，抽出匕首自杀身亡。刘秀得知后大为震惊，看了表章后泪流不止，派扬武将军马成代理中郎将，接替来歙的职务。来歙的灵柩运回洛阳时，刘秀身穿素服亲自吊唁、送葬。
赵王刘良跟随刘秀为来歙送丧返回，进入夏城门时，和中郎将张邯争抢道路，刘良大声呵斥张邯让他调转车头，又责骂守门的官员，让其向前跑了几十步。司隶校尉鲍永上书弹劾：“赵王刘良没有藩王的礼仪，这是大不敬之罪。”刘良是刘秀的近亲，地位尊贵，鲍永却敢于弹劾他，这让朝廷上下都对律法肃然起敬。鲍永征召扶风人鲍恢担任都官从事，鲍恢也是刚正不阿，不畏强权。刘秀常说：“皇亲国戚都得收敛，避让这两位姓鲍的。”鲍永到霸陵县巡视，路过更始帝刘玄的陵墓，他下车跪拜，痛哭一场后才离去。西行到扶风时，他杀牛祭奠苟谏的坟墓。刘秀听说后心中不满，问公卿大臣：“鲍永这样做，你们怎么看？”太中大夫张湛回答：“仁爱是行为的根本，忠诚是道义的核心。有仁爱之心的人不会遗忘旧交，忠诚的人不会忘记君主，这是高尚的品德。”刘秀听后，才消除了不满。
刘秀亲自率军征讨公孙述，秋天七月，大军抵达长安。
公孙述派延岑、吕鲔、王元、公孙恢率领全部兵力，在广汉和资中抵御汉军，又派侯丹率领两万多人在黄石防守。岑彭让臧宫率领五万投降的士兵，从涪水向平曲进军，抵御延岑；自己则分兵乘船顺江而下回到江州，再逆都江而上，突然袭击侯丹，将其打得大败。随后，岑彭日夜兼程，奔袭两千多里，一举攻克武阳，还派精锐骑兵火速攻打广都，距离成都仅有几十里。汉军来势迅猛，所到之处蜀军望风而逃。起初，公孙述听说汉军在平曲，所以派大军前往迎战。等岑彭到了武阳，绕到延岑军队后方，蜀地上下一片震惊。公孙述大惊失色，用拐杖敲打着地面说：“这怎么可能！他是神人吗！”此时延岑在沅水部署了大量兵力。臧宫虽然人马众多，但粮草短缺，运输又跟不上，投降的士兵都想逃跑，一些郡县也重新聚众自保，观望局势。臧宫想撤军，又怕士兵哗变。正巧刘秀派谒者率领军队去支援岑彭，其中有七百匹马，臧宫假传圣旨，把这些马调配给自己，然后日夜进军。他一路上多多布置旗帜，让士兵登山击鼓呐喊，左边是骑兵，右边是步兵，沿着河岸行进，喊杀声震动山谷。延岑没想到汉军突然杀到，登山一看，惊恐万分。臧宫趁机发动攻击，大败延岑，蜀军被斩杀和溺水而死的有一万多人，河水都被染红了。延岑逃往成都，他的部下全部投降，汉军缴获了大量的兵马和珍宝。此后，臧宫乘胜追击，投降的蜀军多达数十万。汉军抵达平阳乡时，王元率领部下投降。刘秀给公孙述写信，分析了投降和抵抗的不同后果，表明自己说话算数。公孙述看完信后叹息不己，拿给亲信们看。太常常少、光禄勋张隆都劝公孙述投降，公孙述说：“国家的兴衰都是天命，哪有天子投降的道理！”从此，再也没人敢提投降的事。常少和张隆都因为忧愁过度而死。刘秀从长安返回洛阳。
十月，公孙述派刺客假扮成逃亡的奴仆，向岑彭投降，趁夜晚将岑彭刺杀。太中大夫、监军郑兴暂时接管军队，等待吴汉前来交接。岑彭治军严谨，对百姓秋毫无犯。邛谷王任贵听说了岑彭的威望，派人从数千里之外赶来投降。可惜此时岑彭己遇害，刘秀把任贵进献的财物全部赐给了岑彭的妻子儿女。蜀地百姓为岑彭立庙祭祀。
马成等人攻破河池，平定了武都。先零羌的多个部落，共计数万人，聚集在一起抢掠侵扰，在浩亹隘据守。马成和马援深入敌境讨伐，大败羌人，把投降的羌人迁徙安置到天水、陇西、扶风。当时，朝中大臣认为金城郡破羌县以西的地区，路途遥远且常有贼寇侵扰，建议放弃。马援上书说：“破羌县以西，城池大多完好坚固，容易防守。那里土地肥沃，灌溉便利。如果让羌人占据湟中，他们就会不断制造祸患，这个地方不能放弃。”刘秀采纳了他的建议。于是，三千多百姓回归故土，马援为他们设置官吏，修缮城郭，修建坞堡，开挖沟渠，鼓励他们从事农耕畜牧，郡中百姓安居乐业。马援还招抚塞外的氐族、羌族，他们纷纷前来归附。马援上奏刘秀，请求恢复这些部族首领的封号，刘秀全部同意，随后召回了马成的军队。
十二月，吴汉从夷陵率领三万人逆江而上，讨伐公孙述。
郭伋担任并州牧，进京时，刘秀询问他治理国家的得失。郭伋说：“选拔官员，应该挑选天下的贤能俊杰，不能只重用南阳人。”当时朝廷中的官员大多是刘秀的同乡故旧，所以郭伋才会这么说。
