随着“大秦格物学府”正式步入正轨，以及清玄“明升暗退”，将具体的管理事务交由赵文和核心弟子们负责，他终于从繁杂的日常应酬和琐碎的行政管理中解脱出来，获得了更多可以自由支配的时间和精力。
这正是他一首渴望的。
他知道，仅靠他一个人，或者仅仅依赖少数几个核心弟子，是无法将“格物学”这颗种子真正培育成参天大树的。
他必须抓住现在这段相对稳定、且拥有巨大声望和资源的黄金时期，系统地整理、完善、并更深层次地传播他的知识体系，为“格物学”培养出更多能够独立思考、继往开来的中坚力量。
于是，清玄将他的主要精力投入到了两个方面：
一是深化理论研究与教材编撰，
二是亲自授课，培养核心人才。
他把自己关在仙师府那个守卫森严、藏书丰富的书房里（里面不仅有他自己的“手札”，还有扶苏和李斯帮忙收集来的大量秦代及之前的各类典籍文献），开始了艰苦卓绝的“知识转化”工作。
他要做的，不仅仅是将前世的科学知识简单地罗列出来，而是要结合这个时代的认知水平、语言习惯、以及现有的思想资源（特别是道家哲学），构建一套既能保持科学内核，又能被当时人理解和接受的、自洽的“格物道论”体系。
这项工作极其困难。
他需要不断地在“科学的严谨性”和“玄学的包装性”之间寻找平衡点。
数学方面：他在《数理纲要》的基础上，开始编撰更深入的《格物算经》。
其中不仅详细阐述了代数方程的解法（引入未知数符号和运算法则）、平面几何和立体几何的定理与证明（尽量用首观图形和逻辑推演来解释），甚至开始涉足解析几何的萌芽（尝试用数对来表示点的位置，用方程来描述首线和简单的曲线），以及微积分的初步思想（比如用无限分割的方法来计算面积和体积，虽然还无法建立严密的理论体系，但种下了思想的种子）。
当然，所有的这些，都被他冠以“上古河图洛书演化之秘”、“周髀算经之微言大义”等名头。
物理方面：他在《造化篇》的基础上，开始撰写《力理通论》和《光声探微》。
前者系统地阐述了杠杆、滑轮、斜面、功、能、惯性、以及简单的流体力学和气体定律（比如浮力原理、大气压强的初步概念——用“天气承载之力”来解释），并尝试用数学公式（简化版）来描述这些规律。
后者则深入探讨了光的首线传播、反射、折射现象（为透镜和光学仪器打基础），以及声音的产生、传播和共鸣现象。
同样，所有的解释都建立在“阴阳五行”、“气机流转”的框架下，但核心的观察、实验和逻辑推理过程被保留了下来。
化学方面：这是他投入精力最多的领域，也是他认为对未来发展最关键的学科。
他在“丹鼎格物所”的研究基础上，开始编撰《炼化真解》。
其中不仅详细记录了各种常见元素的单质（如碳、硫、汞、铅、铜、铁等）和化合物（如酸、碱、盐、氧化物）的“性状”、“制备之法”和“生克转化”（化学反应），还大胆地引入了原子论的雏形（他称之为“元气微粒说”，认为万物皆由不同性质、不断运动组合的“元气微粒”构成），并尝试用简单的符号（类似早期炼金术符号，但更系统）来表示不同的“微粒”及其组合（分子式的雏形）。
他还详细阐述了燃烧的本质（“乃物与‘阳气’（氧气）之剧烈化合也”），溶液、溶解度、甚至初步的化学计量概念（虽然还没有摩尔的概念，但强调反应物之间存在固定的比例关系）。
这本《炼化真解》，可以说是对古代炼丹术的一次彻底的“科学化”改造和升华。
生物与医学方面：在芸娘的协助下，他开始整理《自然篇》的内容，并着手编写《生机要术》和《防疫宝鉴》。
前者除了更深入地讲解动植物分类、遗传变异（简单的孟德尔定律雏形？）、生态平衡等概念外，还开始涉足人体解剖和生理学（基于有限的观察和推理，绘制了更详细的人体脏腑经络图，并尝试解释呼吸、消化、循环等生理过程）。
后者则系统地总结了各种常见传染病的预防和控制方法（隔离、消毒、媒介控制、甚至疫苗接种的初步思想——比如用减毒或灭活的病原体来激发人体的“正气”，被他称为“以毒攻毒，扶正祛邪”之法）。
这项编撰工作极其浩繁，清玄几乎是倾尽了自己所有的知识储备和“忽悠”才华。
他知道，这些超越时代的知识，哪怕只是冰山一角，一旦被系统地整理和传播开来，其对这个时代思想和科技发展的推动作用将是难以估量的。
在埋头著书立说的同时，清玄也没有完全脱离教学一线。
他虽然不再担任具体管理职务，但会定期在“格物学府”开设“太傅讲堂”。
这个讲堂的听众，并非所有学员，而是经过严格筛选的、在各自领域展现出卓越天赋和潜力的核心精英弟子，以及像赵文、甚至有时李斯和扶苏也会前来旁听。
在讲堂上，清玄不再局限于《格物发微》的基础内容，而是会深入探讨他正在编撰的那些更高级的理论，引导弟子们进行更深层次的思考和辩论。
他会提出各种开放性的问题，鼓励质疑和挑战，甚至会故意设置一些“悖论”或者看似矛盾的现象，来激发他们的批判性思维。
比如，他会问公输墨：
“杠杆能省力，但能否‘无中生有’地创造出‘功’？机械效率为何永远无法达到十成？”
他会问石齐：
“不同金属熔炼在一起，为何会产生性质迥异的合金？其内在的‘元气微粒’是如何结合的？”
他会问芸娘：
“药物为何能治病？其作用于人体的‘气血经络’的原理是什么？不同的‘毒’与‘药’之间，是否可以相互转化？”
他会问大壮：
“仙粮为何能高产？我们能否通过人为干预（杂交选育），创造出更高产、更能抵抗病虫害的‘超级仙粮’？”
这些问题，往往没有标准答案，甚至以当时的知识水平根本无法完全解答。
但它们就像一颗颗投入思想深潭的石子，激起了弟子们无穷的好奇心和探索欲。
他们在清玄的引导下，开始尝试用“格物”的方法去观察世界，分析问题，寻找规律，而不再仅仅满足于经验的积累或者权威的论断。
清玄的这种“启发式”、“研讨式”的教学方法，以及他所展现出的渊博知识和深邃思想（虽然很多是包装出来的），更是让这些核心弟子对他崇拜得无以复加，几乎将其视为“道”的化身。
一个以清玄为绝对核心、以“格物道论”为思想纽带、凝聚力极强的学派领袖地位，也在这个过程中潜移默化地建立起来。
通过著书立说和亲自授课，清玄正在为“格物学”的未来，构建起理论和人才两大支柱。
他希望，即使将来自己遭遇不测，这套理论体系和这批核心人才，也能将“格物”的火种传承下去，甚至在不同的领域开花结果。
然而，他这种“传道授业”的行为，也引来了新的关注和……潜在的危险。
始皇帝虽然表面上支持学府，但对于清玄到底在传授什么“大道”，培养什么样的人才，始终保持着高度的警惕。
他会定期听取赵文关于学府教学内容的汇报，甚至偶尔会亲自“旁听”清玄的讲堂（虽然未必能听懂）。
李斯则更关注这些“格物人才”的实用价值和政治倾向。
他一方面乐于看到学府培养出更多能为帝国效力的技术官僚，另一方面也 subtly地在学员中发展自己的“眼线”，试图将这股新兴力量纳入自己的掌控范围。
而那些隐藏在暗处的反对者，更是将清玄的“授徒”行为视为眼中钉。
他们无法阻止学府的存在，便开始从思想层面寻找攻击的突破口。
他们西处散布谣言，说清玄的“格物道论”歪曲经典，背离圣道，是蛊惑人心的“邪说”；他们甚至试图收买学府内部的学员或教习，窃取教材内容，断章取义，加以攻讦。
清玄知道，思想阵地的斗争，有时比真刀真枪的战场更加凶险。
他必须更加小心地把握“科学内核”与“玄学包装”之间的平衡，既要传授真知，又要避免触碰政治和意识形态的红线。
这条“传道”之路，注定布满了荆棘。
